Setelah setahun di Amerika, Kurisu Makise kembali ke Akihabara dan bersatu kembali dengan Rintarou Okabe. Namun, reuni mereka terputus ketika Okabe mulai mengalami kilasan berulang dari garis waktu lain sebagai konsekuensi dari perjalanannya waktu mulai terwujud. Efek samping ini akhirnya memuncak di Okabe yang tiba-tiba menghilang dari dunia, dan hanya Kurisu yang terkejut yang memiliki ingatan tentang keberadaannya. Di tengah keputusasaan, Kurisu dihadapkan dengan pilihan yang benar-benar sulit yang akan menguji tugasnya sebagai ilmuwan dan kesetiaannya sebagai teman: ikuti saran Okabe dan menjauh dari perjalanan melalui waktu untuk menghindari konsekuensi potensial yang mungkin ditimbulkan pada garis dunia, atau abaikan saja untuk menyelamatkan orang yang paling dia hargai. Terlepas dari keputusannya, jalan yang dia pilih adalah jalan yang akan memengaruhi masa lalu, masa kini, dan masa depan.
